"โรงเรียนวัดบวรมงคล"เดิมเรียกกันว่า "โรงเรียนวัดลิงขบ" ซึ่งเรียกตามชื่อของวัดบวรมงคลในสมัยนั้น เมื่อครั้งก่อนนั้นวัดบวรมงคลมีชื่อเรียกว่า
"วัดลิงขบ" โดยชื่อนี้มีเรื่องเล่าว่าเมื่อแรกเริ่มสร้างวัดนั้น "ลุงขบ" ซึ่งเป็นผู้มีถิ่นฐานอาศัยอยู่ในพื้นที่บริเวณนี้ และมีศรัทธาในพระพุทธศาสนาจึง
ได้สร้างวัดนี้ถวายเป็นสังฆาราช ชาวบ้านต่างนิยมนับถือลุงขบมากจึงขนานนามให้วัดนี้ว่า "วัดลุงขบ" แต่เมื่อกาลเวลาผ่านไปอาจจะทำให้ให้
ภาษากร่อนจาก "ลุงขบ" มาเป็น "ลิงขบ" ก็เป็นได้
ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ 2 ทรงพระราชทานนามของวัดให้ใหม่ว่า "วัดบวรมงคล" และได้ทรงสถาปนา  
เป็นพระอารามแต่ยังไม่นิยมเรียกกันโดยทั่วไป ครั้งต่อมาในสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า
ให้กรมขุนธิเบศร์บวรปฏิสังขรณ์และพระราชทานนามวัดใหม่อีกครั้งหนึ่งว่า "วัดบวรมงคลราชวรวิหาร"
โรงเรียนวัดบวรมงคลเริ่มก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ 2498 ซึ่งตั้งอยู่ในเขตธรณีสงฆ์ของวัดบวรมงคลด้านทิศตะวันตกด้วยเนื้อที่
ประมาณ 9 ไร่ 3 งานอยู่ระหว่างสะพานสมเด็จพระปิ่นเกล้ากับสะพานกรุงธนโดยมีท่านเจ้าคุณ "พระศรีวิสุทธิวงศ์" รองเจ้าอาวาสวัดบวรมงคล
ในสมัยนั้นเป็นผู้ริเริ่มก่อตั้งแต่การก่อสร้างอาคารเรียนไม่สามารถสร้างแล้วเสร็จทันเพื่อใช้ในวันที่ 1 พฤษภาคม 2498 จึงเปลี่ยนมาให้
นักเรียนไปเรียนที่วิหารคดรอบพระอุโบสถของวัดไปก่อนหลังจากอาคารเรียนสร้างเสร็จเรียบร้อยแล้วจึงนำนักเรียนกลับมาเรียน ยังสถานที่
ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน
ลักษณะของตราและความหมาย ประด้วยด้วยเสมาธรรมจักร เครื่องหมายแห่งการศึกษา อักษรไขว์ .. อยู่กลาง มีคบเพลิงและรัศมี 13 แฉก เปรียบ
เสมือนความสว่าง ความรุ่งโรจน์ ส่วนโค้งด้านล่างเป็นธรรมคติ "พุ. . สํ มงฺคลํ วรํ" ซึ่งแปลว่า พระพุทธ พระธรรม พระสงฆ์ เป็นมงคลอันประเสริฐ
สีส้ม        หมายถึง    เป็นสีสดใส แสดงความว่องไว กล้าหาญ
สีฟ้า        หมายถึง    เป็นสีเย็นตา ให้ความสุขสบายใจ ความร่วมมือ