"โรงเรียนวัดบวรมงคล"เดิมเรียกกันว่า "โรงเรียนวัดลิงขบ" ซึ่งเรียกตามชื่อของวัดบวรมงคลในสมัยนั้น เมื่อครั้งก่อนนั้นวัดบวรมงคลมีชื่อเรียกว่า
"วัดลิงขบ" โดยชื่อนี้มีเรื่องเล่าว่าเมื่อแรกเริ่มสร้างวัดนั้น "ลุงขบ" ซึ่งเป็นผู้มีถิ่นฐานอาศัยอยู่ในพื้นที่บริเวณนี้ และมีศรัทธาในพระพุทธศาสนาจึง
ได้สร้างวัดนี้ถวายเป็นสังฆาราช ชาวบ้านต่างนิยมนับถือลุงขบมากจึงขนานนามให้วัดนี้ว่า "วัดลุงขบ" แต่เมื่อกาลเวลาผ่านไปอาจจะทำให้ให้
ภาษากร่อนจาก "ลุงขบ" มาเป็น "ลิงขบ" ก็เป็นได้
ต่อมาในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย รัชกาลที่ 2 ทรงพระราชทานนามของวัดให้ใหม่ว่า "วัดบวรมงคล" และได้ทรงสถาปนา
เป็นพระอารามแต่ยังไม่นิยมเรียกกันโดยทั่วไป ครั้งต่อมาในสมัยของพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า
ให้กรมขุนธิเบศร์บวรปฏิสังขรณ์และพระราชทานนามวัดใหม่อีกครั้งหนึ่งว่า "วัดบวรมงคลราชวรวิหาร"
โรงเรียนวัดบวรมงคลเริ่มก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 20 มีนาคม พ.ศ 2498 ซึ่งตั้งอยู่ในเขตธรณีสงฆ์ของวัดบวรมงคลด้านทิศตะวันตกด้วยเนื้อที่
ประมาณ 9 ไร่ 3 งานอยู่ระหว่างสะพานสมเด็จพระปิ่นเกล้ากับสะพานกรุงธนโดยมีท่านเจ้าคุณ "พระศรีวิสุทธิวงศ์" รองเจ้าอาวาสวัดบวรมงคล
ในสมัยนั้นเป็นผู้ริเริ่มก่อตั้งแต่การก่อสร้างอาคารเรียนไม่สามารถสร้างแล้วเสร็จทันเพื่อใช้ในวันที่ 1 พฤษภาคม 2498 จึงเปลี่ยนมาให้
นักเรียนไปเรียนที่วิหารคดรอบพระอุโบสถของวัดไปก่อนหลังจากอาคารเรียนสร้างเสร็จเรียบร้อยแล้วจึงนำนักเรียนกลับมาเรียน ยังสถานที่
ตั้งโรงเรียนในปัจจุบัน
ลักษณะของตราและความหมาย ประด้วยด้วยเสมาธรรมจักร เครื่องหมายแห่งการศึกษา อักษรไขว์ บ.ม. อยู่กลาง มีคบเพลิงและรัศมี 13 แฉก เปรียบ
เสมือนความสว่าง ความรุ่งโรจน์ ส่วนโค้งด้านล่างเป็นธรรมคติ "พุ. ธ. สํ มงฺคลํ วรํ" ซึ่งแปลว่า พระพุทธ พระธรรม พระสงฆ์ เป็นมงคลอันประเสริฐ
สีส้ม หมายถึง เป็นสีสดใส แสดงความว่องไว กล้าหาญ
สีฟ้า หมายถึง เป็นสีเย็นตา ให้ความสุขสบายใจ ความร่วมมือ
